福島県西白河郡西郷村
エコシステムアカデミー事務局と白河甲子（しらかわかし）の森（FSCⓇ-FM認証林）は「西郷村（にしごうむら）」にあり、村での活動の全般にわたってご協力をいただいています。
特に、教育委員会（学校教育課、生涯学習課、中央公民館）とは、小学生対象あるいは生涯学習としての体験型森林環境学習や公民館サークル「にしごう紙漉き研究会」など、協働の取り組みを行っています。

公益財団法人日本野鳥の会
日本野鳥の会は、野鳥や自然を愛する人々が集う自然保護団体です。
豊かな森と野鳥の間には密接な関係があります。
本部および白河支部（福島県）にご協力いただきながら、白河甲子の森に棲む野鳥の観察・調査、野鳥の森づくり、野鳥にまつわるセミナーなどを行っています。

国立那須甲子青少年自然の家
那須甲子青少年自然の家は、雄大な自然を活用し、様々な自然体験を通して、次代を担うたくましく心豊かな青少年を育むことを目的とした青少年教育施設です。
白河甲子の森とはご近所付き合いの関係にあり、自然の家の施設を利用させていただいたり、自然の家へプログラムを提供させていただいたりしています。
特に、自然の家の教育事業「セカンドスクール」（小学生の宿泊学習プログラム）での体験型森林環境学習は多くの学校に利用していただいています。

西白河地方森林組合
西白河地方森林組合は福島県県南地区（白河市、西郷村、泉崎村、中島村、矢吹町）の森林に関する指導事業/販売事業/森林整備事業を行っています。
エコシステムアカデミーとしては、日々の白河甲子の森の手入れや管理、伐採や植樹など大規模施業やイベント、森林に関する情報提供など林業全般についてご協力いただいています。

株式会社中商ホールディングス
福島県白河市にある資源（紙、金属、プラスチックなど）リサイクル企業で、「限りある資源を大切に」をスローガンに、資源の有効利用に取り組んでいます。
エコシステムアカデミーとしては、資源（森のめぐみである紙）の循環利用先として体験型森林環境学習の見学先とさせていただいています。

墨田区
三菱製紙（エコシステムアカデミーの運営主体）の本社は、墨田区にあります。 エコシステムアカデミーは、墨田区学校支援ネットワーク（運営：スカイ学校支援ネットワークセンター）に登録し区内の小学校へ出前授業を行っています。
また、墨田区都市整備部環境担当環境保全課主催のイベント（「すみだ環境フェア」、「夏休みすみだ環境プログラム(自由研究)」など）では、地域ボランティアの人たちと協働でワークショップや体験型森林環境学習を企画実施しています。

水元公園
「東京都葛飾区にある都立公園で、その面積は23区内最大を誇り、都内で唯一水郷の景観をもった公園です。
エコシステムアカデミーは、「エコシステムアカデミー水元」として公園ボランティア登録をし、水元公園および他のボランティアの方と協働で「夏休み自由研究講座」の企画実施、水元公園主催イベント（「樹木観察会」「工作教室」など）への協力、公園近隣学校への体験型森林環境学習を企画実施しています。
また、インストラクター・スキルアップフィールドとしても公園を利用しています。